Продукция НОЦ НБТ СПбГПУ
- Статья в журнале «Structure», импакт-фактор 6.347
«Large-Scale Conformational Flexibility Determines the Properties of AAA+ TIP49 ATPases», Michael Petukhov, Adilia Dagkessamanskaja, Martin Bommer, Tracey Barrett, Irina Tsaneva, Alexander Yakimov, Richard Queval, Alexey Shvetsov, Mikhail Khodorkovskiy, Emmanuel Käs and Mikhail Grigoriev, Structure, 2012, 20, p. 1321-1331
DOI: 10.1016/j.str.2012.05.012
http://www.cell.com/structure/abstract/S0969-2126(12)00216-X
Название на русском языке: «Крупномасштабная конформационная подвижность белков семейства AAA+ TIP49 ATPases»
Обложка журнала
Графический абстракт
TIP49a и TIP49b белки принадлежат к семейству АТФаз класса ААА+ и играют существенную роль в жизненно важных таких процессов, как транскрипция, репарация DNA, биогенез snoRNP и перестройки хроматина. В данной работе представлена кристаллическая структура белка TIP49b в гексамерном состоянии, а также сравнительный анализ крупномасштабной конформационной подвижности белков TIP49a, TIP49b и TIP49a/TIP49b с помощью молекулярного моделирования и молекулярной динамики в водной среде. Установлены основные принципы крупномасштабной подвижности, которые влияют на структуру исследуемых белков и их биохимические свойства, в том числе структурные механизмы контроля АТФазной активности и олигомеризации этих белков. Было показано, каким образом три аминокислотные замены влияют на структуру и конформационную динамику, связывание и гидролиз АТФ для природного мутанта lik-TIP49b обладающего повышенной ДНК независимой АТФ-азной активностью. Сходные механизмы могут влиять также на активность смешенных гексамерных комплексов белков TIP49.
Работа выполнена в рамках совместных исследований с научными группами Лаборатории молекулярной биологии эукариот Университета Поля Сабатье (Тулуза, Франция) (Laboratoire Biologie Moléculaire Eukaryote, CNRS-Université Paul-Sabathier) и Института структурной и молекулярной биологии Университета Биркбека (Лондон, Великобритания) (Institute for Structural and Molecular Biology, Birkbeck College) и вызвала широкий резонанс в научных кругах, о чем свидетельствует специальный пресс-релиз Национального центра научных исследований Франции (CNRS) (http://www.cnrs.fr/insb/recherche/parutions/articles2012/e-kas.html). В первые месяцы после публикации статья входила в число наиболее читаемых работ (http://www.cell.com/structure/mostread).
- Лабораторный практикум по молекулярно-биологическим методам характеризации биологических структур для студентов 5-6 курсов кафедры «Биофизики» СПбГПУ на современном оборудовании научно-образовательного центра по направлениям:
- биохимия белков и пептидов (гель и blue native электрофорез, спектрофотометрия, флюориметрия, круговой дихроизм и т.д.);
- протеомика (масс-спектрометрия);
- структура белковых комплексов (ЯМР-спектроскопия);
- ДНК–белковые взаимодействия на одномолекулярном уровне (оптическая ловушка «Лазерный пинцет»).
- Создана лабораторная технология исследования на одномолекулярном уровне процессов взаимодействия белковых комплексов с двунитевой ДНК. Технология позволяет проводить визуализацию и измерение длины днДНК с точностью 1-2 нм в диапазоне приложенных сил 0-50 пН.
